Contrairement au SIDA pour lequel un fond d’indemnisation a été créé par la loi n° 91-1406 du 31 décembre 1991, il n’existe toujours pas de  fond d’indemnisation pour l’hépatite C d’origine transfusionnelle. A la déception des victimes, la loi du 4 mars 2002 relative aux droits des malades et à la qualité du système de santé n’ a rien prévu en ce sens.Les uniques voies d’indemnisation restent donc:
La voie amiable
La voie contentieuse

Les victimes de l’hépatite C d’origine transfusionnelle ne sont pas concernées par le nouveau dispositif prévu par la loi du 4 mars 2002 pour la réparation des accidents médicaux, infections nosocomiales et aléas thérapeutiques.
La voie amiable consiste en une demande d’indemnisation faite à l’établissement qui a fourni le produit sanguin. Si l’établissement refuse d’indemniser, ou si les conditions d’indemnisations proposées ne donnent pas satisfaction à la victime, cette dernière peut utiliser la voie contentieuse, c’est à dire à la saisine des juridictions.
Dans le cadre d’un recours en indemnisation par la voie contentieuse, il faut distinguer les juridictions judiciaires des juridictions administratives. Les juridictions judiciaires sont compétentes pour les litiges entre personnes privées. Les juridictions administratives sont compétentes pour les litiges concernant les activités de l’administration. Quand le fournisseur du sang est privé c’est donc le juge judiciaire qui est concerné. A l’inverse,  quand il s’agit d’un fournisseur public, c’est le juge administratif qu’il faudra saisir. En effet, il existait avant le 1^er janvier 2000 des fournisseurs soumis à des statuts divers, ce qui nous amène à revoir l’organisation de la transfusion sanguine en France.

Avant le 1^er janvier 2000, date de création de l’Etablissement Français du Sang, il existait différents types de fournisseurs de produits sanguins , centres privés, centres publics gérés par des hôpitaux publics, et centres publics autonomes qui ne dépendaient pas d’un hôpital.
Depuis le 1^er janvier 2000, la situation est plus simple. Il y a un seul fournisseur , l’Etablissement Français du Sang, établissement public. Donc, pour toute demande d’indemnisation pour une contamination qui aurait eu lieu après le 1^er janvier 2000, c’est le juge administratif qu’il faudra saisir.

La responsabilité d’une hépatite C d’origine transfusionnelle peut être attribuée au fournisseur du produit sanguin, ou à l’établissement de soins dans lequel la transfusion a été prescrite et effectuée.

La loi du 4 mars 2002 relative aux droits des malades et à la qualité du système de santé ne modifie pas de façon majeure l’indemnisation des victimes d’une contamination à l’hépatite C par transfusion mais tend à faciliter leur régime d’indemnisation.
L’article 102 de la loi, reprenant la jurisprudence antérieure, prévoit une présomption d’imputabilité de la contamination à une transfusion sanguine établie : la victime n’a pas à apporter la preuve que la contamination a été causée par la transfusion ; elle doit seulement prouver qu’elle est atteinte d’une hépatite C, et qu’elle a reçu des produits sanguins. Il appartient donc au fournisseur de produits sanguins de prouver que la transfusion n’est pas à l’origine de la contamination.
La loi du 4 mars 2002 prévoit également que le juge peut ordonner « toutes les mesures d’instruction qu’il estime utiles » pour prouver l’imputabilité de la contamination. Enfin, l’article 102 de la loi du 4 mars 2002 prévoit que le doute profite au demandeur, c’est à dire à la victime qui demande réparation.
Cet article est directement applicable aux instances en cours qui n’ont pas donné lieu à une décision irrévocable, c’est à dire les instances qui n’ont pas encore été jugées définitivement en appel.
 
En conclusion, pour les hépatites C d’origine transfusionnelle, la responsabilité la plus favorable à la victime est celle du fournisseur du produit sanguin.