Elle est considérée comme une affection bénigne. Elle est cependant susceptible dans 10% des cas d’évoluer vers la stéato-hépatite. Un cas d’évolution d’une stéatose pure vers la cirrhose a été décrit, mais cette éventualité reste exceptionnelle

Spontanément, les lésions restent stables dans 54% des cas, s’améliorent dans 4 %, et évoluent dans le sens de l’aggravation dans 42% .
L’évolution de la fibrose est lente, par rapport aux maladies alcooliques du foie. La survie des patients atteints de SHNA est deux fois plus élevée à 5 ans, et 4 fois plus élevée à 10 ans que celle des patients souffrant d’hépatopathie alcoolique.
Chez environ 10% des patients atteints de SHNA une cirrhose peut être observée .
Le carcinome hépatocellulaire semble moins fréquent au cours des SHNA que dans les autres maladies chroniques du foie. Cependant, compte tenu de la fréquence de l’IR, la SHNA pourrait être une cause fréquente de CHC(13% des CHC seraient dus à la SHNA).
Enfin, la SHNA est un cofacteur d’aggravation des maladies hépatiques d’autre nature, en particulier alcooliques ou dues au VHC.